Plusieurs commissions concourent au fonctionnement de la Haute école pédagogique du canton de Vaud, parmi lesquelles la commission du personnel.
La Commission participative qualité (CompaQ) permet de prendre en compte les intérêts et attentes des parties prenantes de la HEP Vaud dans le développement de son système d'assurance qualité et de sa culture qualité.
La Commission de recours de la HEP Vaud statue sur les recours des étudiantes et étudiants contre les décisions du Comité de direction.
La Commission du personnel est un organe indépendant qui représente le personnel administratif et technique, et le corps enseignant HEP.
La HEP Vaud dispose d’une Commission interinstitutionnelle destinée à assurer la collaboration avec les Hautes écoles de Suisse romande.