Plusieurs commissions concourent au fonctionnement de la Haute école pédagogique du canton de Vaud, parmi lesquelles la commission du personnel.
La Commission participative qualité (CompaQ) permet de prendre en compte les intérêts et attentes des parties prenantes de la HEP Vaud dans le développement de son système d'assurance qualité et de sa culture qualité.
La Commission de recours de la HEP Vaud statue sur les recours des étudiantes et étudiants contre les décisions du Comité de direction.
La Commission du personnel est un organe indépendant qui représente le personnel administratif et technique, et le corps enseignant HEP.
La HEP Vaud dispose d’une Commission interinstitutionnelle destinée à assurer la collaboration avec les Hautes écoles de Suisse romande.
La Commission de santé et sécurité au travail (CSST) est chargée de conseiller le Comité de direction dans la mise en œuvre et le développement de la politique en santé et sécurité de la HEP Vaud.
La déléguée à l’égalité et à la diversité, Muriel Guyaz, est soutenue dans son mandat par une chargée de mission, Monique Henchoz, et s'appuie sur la commission consultative de l’égalité, afin de mener à bien ses différentes missions.