La Haute école pédagogique du canton de Vaud est rattachée à la Direction générale de l’enseignement supérieur (DGES). Elle dépend elle-même du Département de l'enseignement et de la formation professionnelle (DEF).
L'organisation de l'institution s’inspire de la LHEP du 12 décembre 2007 et distingue 3 fonctions principales: